熒光的發(fā)光是被一定波長光激發(fā)后，電子被激發(fā)到高能級，隨后向低能級躍遷的過程中發(fā)出比激發(fā)光波長更長的熒光，這也就是上面提到的受激輻射。我們將能接受光輻射，并躍遷發(fā)出顏色光的基團叫做生色團。綠色熒光蛋白含有一個三肽的單位Ser（65）-Tyr（66）-Gly（67），在蛋白質(zhì)折疊的時候，這三個氨基酸會折疊成5元環(huán)的咪唑酮的結(jié)構(gòu)，也就是生色團。當它被激發(fā)后，失去一個質(zhì)子，形成了帶負電荷的結(jié)構(gòu)，在這種構(gòu)象下就可以發(fā)光了。395nm（紫外）和475nm（藍光）是綠色熒光蛋白兩個最大激發(fā)波長，使用其中的一種激發(fā)光源激發(fā)GFP，就可使其發(fā)出綠光（發(fā)射波長在509nm）。

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